Los orígenes de la actividad médico legal en nuestro país se remontan a la primera mitad del siglo XIX, cuando al ser creada la Escuela de Medicina de la Universidad de Chile, consideró en su currículum un curso teórico de medicina legal.

Hasta entonces, y desde el punto de vista práctico, los “médicos de ciudad” de la capital se encargaban de la realización de las autopsias, en la morgue situada en calle Teatinos, a un costado de la Cárcel Pública.

El 30 de agosto de 1915 comienza a funcionar la sede actual de la institución, ubicada en Avda. La Paz N° 1012, cuyas dependencias fueron oficialmente inauguradas el 1 de octubre de 1926, producto de la vasta labor desarrollada por el Dr. Carlos Ybar de la Sierra, creador y organizador del Servicio Médico Legal en Santiago y en algunas provincias.

Al día de hoy el organismo forense cuenta con 40 sedes a lo largo del país, 15 instaladas en capitales regionales y 21 en provincias. Por otra parte, en octubre de 2009 el SML firmó un convenio con la Subsecretaría de Justicia y la Subsecretaría de Redes Asistenciales en que esta última se compromete a gestionar la incorporación de unidades básicas médico-forenses, de acuerdo a los requerimientos específicos regionales, en los hospitales que se construyan a nivel nacional, situación que actualmente está en desarrollo.